Команда Особого Назначения АНБУ (яп. 暗部?, дословно «тёмная сторона») (аббревиатура от Ансацу Сэндзюцу Токусю Бутай (яп. 暗殺戦術特殊部隊 «Особая команда по тактике убийств»?) — спецназ, находящийся под прямым контролем кагэ. Члены AНБУ носят фарфоровые маски, имеющие форму животных, для того, чтобы выделяться среди других синоби и оставаться неузнанными. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече, кроме того, они носят с собой ниндзя-то (меч ниндзя), который обычно прикрепляется к спине. Некоторые из них на стандартные униформы надевают чёрные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета. Все члены АНБУ прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего были придуманны различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. Одно из возможных её подразделений — это Ниндзя преследователи (яп. 追い忍 ойнин?), основная задача которого состоит прежде всего в поимке ниндзя-предателей, а затем в полном уничтожении их тел, таким образом избегая утечки в другие селения важной информации о типе чакры и различных анатомических признаках.

Корень (яп. 根 нэ?). Организация была основана и непосредственно возглавлена Данзо, который усиленно обучал и конденсировал мировозрение детей. Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии, не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: шиноби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сайя о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Кровавого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. С того момента как Данзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации. Даже если организация показывает нам, что имеет хорошие намерениям, Цунадэ и Дзирайя относятся к ней с подозрением.

Экипировка ANBU состоит из:
Черного обтягивающего костюма. Серого жилета защищающего от кунаев и сюрикенов и в котором так же можно нести свитки. Катаны и форфорофой маски.